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華東理工楊弋教授團(tuán)隊(duì)在遺傳編碼熒光RNA探針研究中取得重要進(jìn)展

來源:華東理工大學(xué)藥學(xué)院      2023-06-21
導(dǎo)讀:近日,華東理工大學(xué)藥學(xué)院、生物反應(yīng)器工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、光遺傳學(xué)與合成生物學(xué)交叉學(xué)科研究中心楊弋教授團(tuán)隊(duì)在遺傳編碼熒光RNA探針研究中取得重要進(jìn)展,在國際學(xué)術(shù)期刊《Biosensors and Bioelectronics》發(fā)表題為“Imaging intracellular metabolite and protein changes in live mammalian cells with bright fluorescent RNA-based genetically encoded sensors”的研究文章。

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細(xì)胞內(nèi)各類代謝物在生命活動(dòng)中起著至關(guān)重要的作用,對(duì)細(xì)胞內(nèi)代謝物的監(jiān)測(cè)可以為代謝研究、臨床診斷及治療提供有力的工具。然而,活細(xì)胞內(nèi)的代謝物呈現(xiàn)高度的時(shí)空動(dòng)態(tài)分布,它們往往需要在正確的時(shí)間和空間以正確的數(shù)量才能行使其生理功能,這為細(xì)胞內(nèi)代謝物的監(jiān)測(cè)帶來了極大的挑戰(zhàn)。此前,基于熒光蛋白的遺傳編碼熒光探針已被廣泛用于活細(xì)胞內(nèi)代謝物的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。然而,由于能夠特異性結(jié)合靶標(biāo)并在靶標(biāo)結(jié)合時(shí)發(fā)生較大構(gòu)象變化的變構(gòu)蛋白數(shù)量十分有限,熒光蛋白探針的底物選擇范圍有限,無法實(shí)現(xiàn)對(duì)許多關(guān)鍵代謝物的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。此外,絕大多數(shù)高性能熒光蛋白探針都是黃綠色的,這也一定程度上限制了其在多色標(biāo)記與活體成像中的應(yīng)用。近年來,基于熒光RNA開發(fā)的遺傳編碼熒光探針為活細(xì)胞代謝監(jiān)測(cè)帶來新的機(jī)遇。識(shí)別特定靶標(biāo)代謝分子的RNA適配體可以通過體外篩選得到,核糖開關(guān)中還存在許多天然的適配體。理論上,針對(duì)任何代謝物小分子或者蛋白等大分子,基于熒光 RNA 技術(shù)都可能發(fā)展出相應(yīng)的傳感器,這有助于突破現(xiàn)有傳感器種類缺乏多樣性的限制,大大擴(kuò)展傳感器的應(yīng)用領(lǐng)域

在本研究中,研究團(tuán)隊(duì)基于此前發(fā)展的高性能熒光RNA(Pepper)發(fā)展了一系列可特異性識(shí)別不同小分子代謝物與蛋白質(zhì)的遺傳編碼熒光探針。與此前開發(fā)的熒光RNA探針相比,Pepper熒光RNA探針表現(xiàn)出諸多優(yōu)勢(shì)。首先,由于不含G-四鏈體結(jié)構(gòu),Pepper熒光RNA探針在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中顯示出更高的折疊效率和細(xì)胞亮度。其次,與此前報(bào)道的波長(zhǎng)最長(zhǎng)的Red Broccoli探針(590 nm)相比,Pepper熒光RNA探針的最大發(fā)射波長(zhǎng)顯著紅移,可達(dá)620 nm。最后,不同顏色的HBC染料都能用于Pepper熒光RNA探針的標(biāo)記與成像,使得Pepper熒光RNA探針具有良好的適配性,能夠與不同顏色的其他成像工具進(jìn)行組合使用。

上述性質(zhì)使得Pepper熒光RNA探針能夠?qū)Σ溉閯?dòng)物細(xì)胞內(nèi)靶標(biāo)分子的濃度與位置變化進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。研究團(tuán)隊(duì)利用Pepper-SAM探針實(shí)現(xiàn)藥物刺激下活細(xì)胞中SAM水平動(dòng)態(tài)變化的實(shí)時(shí)標(biāo)記與成像,還利用Pepper-MCP探針實(shí)現(xiàn)光遺傳學(xué)技術(shù)操縱的蛋白質(zhì)易位的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)。此外,通過將Pepper熒光RNA探針融合到sgRNA支架中,研究團(tuán)隊(duì)利用CRISPR展示技術(shù)實(shí)現(xiàn)MCP蛋白分子熒光檢測(cè)信號(hào)的放大。綜上,基于Pepper的系列熒光RNA探針為生命科學(xué)基礎(chǔ)研究與疾病機(jī)理解析提供極具價(jià)值的實(shí)用工具。

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該論文第一作者為方夢(mèng)悅博士、李慧文博士與謝鑫博士,通訊作者為楊弋教授和陳顯軍教授。該研究得到了國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金、上海市細(xì)胞代謝光遺傳學(xué)技術(shù)前沿科學(xué)研究基地、生物反應(yīng)器工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室基金等經(jīng)費(fèi)資助。

原文鏈接:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0956566323003536?via%3Dihub

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