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中科院宗志友、印遇龍?jiān)菏康群献鱆ACS

來源:化學(xué)加APP      2025-08-30
導(dǎo)讀:綠色低碳是我國(guó)經(jīng)濟(jì)社會(huì)可持續(xù)發(fā)展的重大需求,其中生物制造是綠色低碳產(chǎn)業(yè)的重要組成。酶分子是以清潔的生物方式創(chuàng)制化工產(chǎn)品的重要催化劑,在生物制造領(lǐng)域發(fā)揮著不可替代的作用。隨著科學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,人工酶的智能塑造作為新興前沿研究方向,正加速突破傳統(tǒng)學(xué)科邊界,逐步發(fā)展為一門以生物學(xué)為基礎(chǔ),深度融合化學(xué)、物理、計(jì)算科學(xué)等多學(xué)科理論與技術(shù)方法的交叉科學(xué),構(gòu)建起多學(xué)科協(xié)同創(chuàng)新的研究范式。 中科院天津工業(yè)生物所宗志友研究員結(jié)合計(jì)算化學(xué)與生物工程交叉學(xué)科研究背景,建立了計(jì)算機(jī)輔助的酶分子/多肽改造技術(shù)體系(P Natl Acad Sci USA 2023; https://doi.org/10.1073/pnas.2214912120),開發(fā)了酶性質(zhì)快速預(yù)測(cè)整合工具和AI輔助的組合突變預(yù)測(cè)工具(圖1);基于以上技術(shù)體系和AI工具,聚焦生物質(zhì)(淀粉、木質(zhì)纖維素)催化轉(zhuǎn)化關(guān)鍵酶,獲得了催化機(jī)制清晰、限速步驟明確、性能顯著提升的葡萄糖醛酸酯酶(Nat. Commun. 2022; https://doi.org/10.1038/s41467-022-28938-w),纖維二糖水解酶(J. Am. Chem. Soc. 2019; https://doi.org/10.1021/jacs.9b08477、ACS Catal. 2024; https://doi.org/10.1021/acscatal.4c05393),和糖原分支酶(Nat. Commun. 2024; https://doi.org/10.1038/s41467-024-53018-6)等,授權(quán)多項(xiàng)發(fā)明專利并轉(zhuǎn)化。
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1. 酶性質(zhì)快速預(yù)測(cè)整合工具和AI輔助的組合突變預(yù)測(cè)網(wǎng)站式工具。


正文

作為生物質(zhì)的重要組成,淀粉是自然界中廣泛存在的α-葡聚糖類碳水化合物,是植物通過光合作用將太陽(yáng)能轉(zhuǎn)化為化學(xué)能后,以顆粒形式儲(chǔ)存于種子、塊莖中的能量載體,廣泛富集于玉米、小麥等糧食作物中。此外,隨著合成生物學(xué)與生物催化技術(shù)的突破,目前已實(shí)現(xiàn)以一碳化合物為原料的人工淀粉創(chuàng)制,為應(yīng)對(duì)糧食安全、碳中和目標(biāo)及生物質(zhì)資源高效利用提供了顛覆性思路。

Amylomaltases (AMs, EC 2.4.1.25 at https://www.brenda-enzymes.org/)是淀粉修飾的關(guān)鍵酶,其可通過獨(dú)特的環(huán)化特征調(diào)控α-葡聚糖的生化特性,形成α-1,4-糖苷連接的大環(huán)多糖(Cycloamyloses; CAs),賦予自然廣泛存在以及人工創(chuàng)制淀粉顯著的健康益處和醫(yī)學(xué)價(jià)值。雖然CAs的工業(yè)應(yīng)用在快速發(fā)展,但AM獨(dú)特的環(huán)化過程的機(jī)制復(fù)雜性,以及轉(zhuǎn)糖苷酶家族中轉(zhuǎn)糖基化與水解的微妙相互作用仍然未知,制約了該生物質(zhì)利用關(guān)鍵酶的智能塑造和性能提升。

在這項(xiàng)研究中,作者利用大規(guī)模分子模擬、二維自由能計(jì)算、QM/MM量化計(jì)算,并結(jié)合生化實(shí)驗(yàn),以原子分辨率揭示了AM的共價(jià)和非共價(jià)的完整催化循環(huán),發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)糖基化過程(12.8 kcal/mol;圖2)優(yōu)于水解過程(17.5 kcal/mol),是AM生物催化的主要途徑。此外,糖基化后的非共價(jià)多糖鏈在酶表面的大規(guī)模移動(dòng)是環(huán)化過程的決定性因素,特別是對(duì)于聚合度大于30α-葡聚糖底物,其中非共價(jià)步驟(≥13.6 kcal/mol)決定了CA的生產(chǎn)速率。

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2. AM轉(zhuǎn)糖基化反應(yīng)示意圖。

在生化實(shí)驗(yàn)中,研究團(tuán)隊(duì)通過策略性地調(diào)節(jié)多糖鏈轉(zhuǎn)移步驟,獲得了57個(gè)活性增強(qiáng)的突變體(單突變體最多增加了2.3倍酶活性;圖3)。酶促動(dòng)力學(xué)結(jié)果表明,酶性能的提升主要源于底物轉(zhuǎn)移途徑中酶與底物的親和力的降低,從而加快了α-葡聚糖鏈在AM表面的轉(zhuǎn)移,促進(jìn)環(huán)化。此外,作者進(jìn)一步利用Mass spectrometry,成功檢測(cè)到了在AM催化多糖底物后,生成了聚合度范圍為2261CAs,證實(shí)了理論計(jì)算的推測(cè)。

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3. 五種不同聚合度多糖底物在AM表面運(yùn)動(dòng)過程的二維自由能圖譜、相互作用能計(jì)算識(shí)別突變位點(diǎn)、酶工程實(shí)驗(yàn),以及酶促動(dòng)力學(xué)實(shí)驗(yàn)。

此外,研究團(tuán)隊(duì)還揭示了一直懸而未決的AM中轉(zhuǎn)糖基化和水解關(guān)系,量化了二者之間的動(dòng)力學(xué)競(jìng)爭(zhēng)平衡(圖4),從而為設(shè)計(jì)具有更高效率和特異性的轉(zhuǎn)糖苷酶提供了關(guān)鍵的機(jī)制見解。這項(xiàng)研究從工業(yè)性能的角度對(duì)CA的生物合成過程進(jìn)行了系統(tǒng)的分子水平的解密,為AM家族提供了清晰的工程藍(lán)圖(圖5)。

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4. AM中轉(zhuǎn)糖基化和水解關(guān)系研究。

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5. AM環(huán)化和水解的自由能圖譜。


總結(jié)與點(diǎn)評(píng)

淀粉等生物質(zhì)因其低成本、廣泛分布和可再生性而在全球范圍內(nèi)得到越來越多的利用。通過生物催化進(jìn)行結(jié)構(gòu)修飾以創(chuàng)造新的屬性是開發(fā)淀粉等α-葡聚糖在食品和健康行業(yè)等領(lǐng)域應(yīng)用的基本途徑。中科院印遇龍?jiān)菏奎c(diǎn)評(píng)該項(xiàng)研究揭示了AM生物催化的分子基礎(chǔ),提升了該酶在α-葡聚糖修飾工業(yè)中的應(yīng)用價(jià)值;同時(shí),該研究成果可擴(kuò)展到GH 135777家族中的轉(zhuǎn)糖苷酶,推動(dòng)高附加值精細(xì)化學(xué)品和功能材料的高效生物創(chuàng)制。

這項(xiàng)研究近期發(fā)表在國(guó)際頂級(jí)期刊Journal of the American Chemical Society (Q1; IF: 15.6)第一作者為中科院天津工業(yè)生物所博士后劉涵博士,天津科技大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)碩士生尚天文,和瑞典查爾姆斯理工大學(xué)Scott Mazurkewich博士;通訊作者為中科院天津工業(yè)生物所宗志友研究員,中科院天津工業(yè)生物所孫媛霞研究員,和中科院亞熱帶生態(tài)所印遇龍?jiān)菏俊?/span>該研究獲得了美國(guó)伊利諾伊大學(xué)計(jì)算化學(xué)家Christophe Chipot教授,瑞典查爾姆斯理工大學(xué)生物質(zhì)利用專家Johan Larsbrink教授,中科院天津工業(yè)生物所人工合成淀粉研究中心主任蔡韜研究員,天津科技大學(xué)研究生院、卓越工程師學(xué)院院長(zhǎng)羅學(xué)剛教授,中科康源生物技術(shù)有限公司董事長(zhǎng)張東遠(yuǎn)博士,安琪酵母股份有限公司生物質(zhì)技術(shù)中心總經(jīng)理胡駿鵬博士,中科院亞熱帶生態(tài)所王樂蒞副研究員,和中科院天津工業(yè)生物所支撐平臺(tái)張志丹高級(jí)工程師等的大力支持和協(xié)助。


招聘信息

團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期招聘具有生物催化或計(jì)算化學(xué)專業(yè)背景的博士后,從事生物質(zhì)利用關(guān)鍵酶分子的機(jī)制研究和智能塑造,具有交叉學(xué)科研究經(jīng)歷者優(yōu)先考慮。待遇方面在享受中國(guó)科學(xué)院及研究所有關(guān)規(guī)定的薪酬外,還可疊加濱海新區(qū)人才補(bǔ)貼,待遇優(yōu)厚。應(yīng)聘者請(qǐng)將個(gè)人簡(jiǎn)歷發(fā)送至zongzhy@tib.cas.cn。初選合格者,將電話或郵件通知面試。

文獻(xiàn)詳情:

Cyclization Decoded: Engineering Amylomaltase for Efficient α-Glucan Transformations. 
Han Liu#, Tianwen Shang#, Scott Mazurkewich#, Zhidan Zhang, Junpeng Hu, Tao Cai, Xuegang Luo, Dongyuan Zhang, Leli Wang, Yulong Yin*, Yuanxia Sun*, Johan Larsbrink, Christophe Chipot, and Zhiyou Zong*
J. Am. Chem. Soc.2025
https://doi.org/10.1021/jacs.5c11260
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